Как я понимаю, механицизм активно развивался вместе с научными прорывами, в частности, в области физики. И его начали отвергать в связи с появлением, в частности, теории относительности, которую он не мог объяснить.
Я объясняю очень криво, поэтому вот вам цитата из курса лекции по философии науки профессора Бессонова: "Под влиянием классической механики научная картина мира к началу ХХ века приобрела завершенный вид; казалось, что для дальнейших исследований нет никаких перспектив. Но эта иллюзия быстро была разрушена такими важными научными открытиями, как открытие лучей рентгена (1895 год), квантовой теории Планка (1900 год), специальной (1905 год) и общей (1916 год) теории относительности, модели атома Резерфорда (1913 год). Все эти открытия разрушали картину мира, созданную на основе воззрений Ньютона и Галилея.
Эти перемены и вызвали кризис: многие пришли к выводу, что все познание относительно. На смену догматическим пришли релятивистские представления". То есть механицизм уже не мог объяснить всех открытий, поэтому он устарел.
Если я не права, поправьте меня.

Если коротко, то потому, что не все явления природы можно объяснить с помощью классической механики.